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聊城市疾病预防控制中心高通量基因测序系统采购需求公示
山东聊城市 招标公告
2021-03-26
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*、项目概况及预算情况:
聊城市疾病预防控制中心高通量基因测序系统采购项目,本项目共1个包,预算资金****元。
*、采购标的具体情况:
详见附件。附件:(链接:*****://***.*****.***/s/**************_********提取码:****)
*、论证意见:
详见附件。附件:(链接:*****://***.*****.***/s/**************_********提取码:****)
*、公示时间:本项目采购需求公示期限为3天:自****年3月**日起,至****年3月**日止
*、意见反馈方式:
本项目采购需求方案公示期间接受社会公众及潜在供应商的监督。
请遵循客观、公正的原则,对本项目需求方案提出意见或者建议,并请于****-**-**前将书面意见反馈至采购人或者采购代理机构,采购人或者采购代理机构应当于公示期满5个工作日内予以处理。
采购人或者采购代理机构未在规定时间内处理或者对处理意见不满意的,异议供应商可就有关问题通过采购文件向采购人或者采购代理机构提出质疑;质疑未在规定时间内得到答复或者对答复不满意的,异议供应商可以向采购人同级财政部门提出投诉。
*、项目联系方式
1、采购单位:聊城市疾病预防控制中心地址:聊城市东昌府区湖南路2号
联系人:赵主任联系方式:****-*******
2.采购代理机构:山东邦卓招标有限责任公司地址:山东济南高新舜风路***齐鲁文化创意基地5号楼3单元2层
联系人:赵莎莎联系方式:****-********
名称数量技术参数备注
高通量基因测序系统1套*、设备用途
1、用于致病菌识别网中病原菌的全基因组测序、病原菌分子分型和溯源、进化分析等。
2、用于新型冠状病毒肺炎疫情的快速应对,既可从临床标本中直接分析新冠病毒的基因组序列,又可对分离培养后的新冠病毒进行基因组序列详尽分析。该设备用于新型冠状病毒基因组序列的拼接、比对、进化同源分析、变异位点分析,为新型冠状病毒的进化、溯源、传播预测做分析;
3、可用于不明原因肺炎、不明原因感染、不明原因发热等标本的基因组分析和快速应对;
4、可用于生物性水污染、食物中毒、突发和新发公共卫生事件的快速应对,快速检测致病源;
5、可用于细菌性腹泻、肠道致病菌的快速应对和基因组分析;
6、可用于致病菌快速鉴定、爆发识别、食源性致病菌的溯源分析和基因组分子分型;
7、可便携至疫情现场,避免RNA类病原体转运造成检测假阴性。
二、工作条件
1、用电需求:适用工作电压:220V±10V;频率:50/60Hz;
2、运行所需环境温度范围:能够满足在实验室19℃~25℃条件下正常运行;
3、运行所需相对湿度范围:能够满足在50~80%高湿环境下正常运行;
4、工作条件及安全性要求符合中国及国际有关标准或规定。
三、配置及技术要求
1、空间要求:
1.1符合用户实验室空间摆放条件要求;
1.2能够满足标准洁净台内空间摆放要求。
2、整机检测性能:
2.1属于光学检测仪器,由光学检测器、进样舱、激光传感器、内置电脑数据处理系统组成;
2.2新冠建库测序技术原理:采用多重PCR技术获得新冠病毒的基因组全长,获得产物直接用于二代和三代基因组测序,分析新冠病毒全长;
2.3扩增原理:原位扩增和序列识别同时进行,模板制备无需等温扩增,避免对测序扩增引物要求过高;
2.4样品用量:DNA/RNA样本量1ng;
2.5数据通量:双端测序读长为2*300bp的模式下每次反应测序数据产出量14Gb;单分子测序模块模块上机后2分钟产生碱基序列数据,根据实验需求设置测序反应时间,可选范围在几分钟到48小时之间,产生30G数据;
2.6主机测序模块每次运行至少可生成可读2400万个片段标签序列;
2.7数据读取模式:自动化双端读取及自动化单端读取序列;
2.8测序读长:自动化双端测序模式下读长≥2*300个碱基(600bp);单分子测序模块读长≧500bp,最长超过2Mbp;
2.9光学检测系统:
2.9.1新冠全基因组序列检测性能:采用一步法PCR技术,扩增子数目小于150个;
2.9.2检测灵敏度:单个碱基序列;
2.9.3新冠全基因组扩增速度:新冠全基因组全长片段PCR扩增需在4小时内完成;
2.9.4检测准确度及重复性:可精确读取任意长度连续单个重复碱基(如AAAAAA……AAAAAAAAA);
2.10进样系统:
2.10.1样品制备可在2小时内完成;
2.10.2样本和芯片加载便利性:无需任何样本加载系统、无需任何装载系统;
2.10.3无线射频识别装置:试剂槽具备无线射频识别(RFID)标签的读取;
2.10.4封闭检测室,反应过程无废液、废气产生,反应无需任何生物学处理,无需任何样本加载系统、无需任何装载系统;
2.10.5不同样品并行性:提供稳定成熟的384个样品的index混合接头;
2.10.6测序自动化:具备最高的自动化,无需配备扩增设备、无需模板制备设备、无需加载设备、无需任何装载设备,在测序主机中可直接开展样本文库克隆扩增和测序,样本文库克隆扩增不需要繁琐的emulsion PCR(即油包水PCR法),避免了额外的系统外操作步骤造成的实验错误;
2.11内置电脑数据处理系统:
2.11.1内置电脑数据处理系统:硬盘容量≥700G,内存≥16G;
2.11.2测序数据准确性:测序结果给出严格的Q30的数据质量评判,Q30值≥85%;
2.11.3扩增、测序和数据分析(包括序列拼接、16S宏基因组测序数据分析、靶向测序分析等功能)在测序仪主机上完成,无需单独配置扩增设备、无需模单独配置模板制备设备、无需单独外配本地服务器;
2.12检测突变频率最低0.1%;
2.13数据传输:可与实验室LIMS系统连接,并进行数据传输;
2.14适用于转座酶建库方案,无任何温度要求;
3、新型冠状病毒基因组检测性能:整合的新型冠状病毒全基因组捕获试剂,涵盖新型冠状病毒全基因组、PCR扩增、质粒测序文库构建,灵敏度低至1ng。
四、仪器控制、数据采集、处理和应用
1、数据采集模式:边合成边采集每一个碱基反应信号。
2、操作软件:实现对测序仪器的自动工作流程进行操作设置,可自动控制仪器完成簇生成扩增和边合成边测序的化学反应。
3、分析软件:提供同品牌整合在测序仪内的App版本优化的生物信息学解读软件。
4、单独配备流感病毒分析软件:
4.1图形化操作界面,无需命令行输入;
4.2从下机数据到结果报告仅需一键式操作,无需专业生物信息学知识;
4.3具有自主知识产权的变异扩增防错技术;
4.4可视化的报告输出;
4.5软件内嵌服务器,软硬件完美搭配,计算能力高效;
4.6实现96个样本的批量处理,完美对接新一代测序平台;
4.7提供后续个性化数据分析服务。
5、单独配备未知病原分析软件:
5.1图形化操作界面,无需命令行输入;
5.2从下机数据到结果报告仅需一键式操作,无需专业生物信息学知识;
5.3具有自主知识产权的变异扩增防错技术;
5.4可视化的报告输出;
5.5软件内嵌服务器,软硬件完美搭配,计算能力高效;
5.6数据库具备14000病原微生物的数据;
5.7可进行病原微生物物种拓扑分析、聚类分析,并给出分析报告;
5.8可对重点关注病原进行标注,分析报告中重点分析;
5.9有效排除假阳性结果,保留阳性结果;
5.10内置病原微生物的排序、筛选、导出、统计功能。
6、新型冠状病毒序列分析软件:
6.1新冠病毒全基因组序列分析,突变位点鉴定等功能;
6.2图形化操作界面,无需命令行输入,从下机数据到结果报告仅需一键式操作,无需专业生物信息学知识;
6.3实现96个样本的批量处理,完美对接新一代测序平台。
7、宏基因组病原鉴定、耐药基因和毒力基因分析软件模块:
7.1用于未知物种全基因组测序、微生物宏基因组分析,可用于不明原因感染、不明原因明确症状的病原筛查,以及筛查过后的抗性基因毒力基因检测;可用于卫生应急、食物中毒、突发和新发疫情的快速应对,快速检测致病源,辅助设计治疗方案,建立抗性基因监察靶标;
7.2从下机数据到结果报告仅需一键式操作,无需专业生物信息学知识;可自动计算覆盖度和深度,有效去除假阳性;
7.3 2GB大小的测序数据2h内完成分析;
7.4可同时检测≥8000种病毒,≥9000种支原体和细菌,≥1000种真菌和寄生虫;
7.5提供系统资源占用统计功能,结果数据的reads数目做图统计功能,相对reads做图统计功能,拼接结果统计功能,样本物种谱鉴定功能,抗性基因分布统计功能,抗性基因差异及多态性统计功能,毒力基因分布统计功能等等;内含300多种常见病原注释信息,并且用户可自定义加入病原,有利于常见病原的识别;提供结果报告图片和病原拼接结果的导出功能;
7.6提供成熟的商品化耐药基因测序试剂盒;
7.7满足纯菌全基因组拼接、分析功能。
8、以上软件同时兼容二代和三代测序(包括单分子实时纳米孔测序数据)数据,提供软件界面截图。
9、数据分析服务器:CPU核心数36,最大线程数72(2颗),内存≥256GB,硬盘≥32TB,GPU:4块RTX2080Ti;配置鼠标键盘;32寸显示器,刷新率:144(该数据为最低配置,必须能完成基因序列的比对和分析任务)。
五、仪器配置要求(试剂数量需要加上)
1、基因测序仪主机:1台;
2、测序仪内置软件:1台;
3、操作说明书:1套;
4、流感病毒生物信息分析模块:1套;
5、未知病原分析模块:1套;
6、数据分析服务器:1套;
7、新冠病毒序列分析模块:1套;
8、宏基因组病原鉴定、耐药基因和毒力基因分析软件模块:1套;
9、96孔板振荡器:1台;
10、96孔板离心机:1台;
11、核酸定量分析仪(含定量试剂1套):1台;
12、96孔板磁力架:1台(含5套深孔板);
13、金属浴:2台;
14、单分子测序模块:1套;(含8张测序芯片)
15、转座酶法建库试剂:1套;
16、新型冠状病毒全基因组捕获试剂盒:1套;
17、文库标签试剂盒:1套;
18、100株细菌全基因组测序试剂(含建库、测序全套试剂);
19、流感病毒测序试剂(50个样本,含建库、测序全套试剂);
20、肠道病毒测序试剂(50个样本,含建库、测序全套试剂);
21、配套用测序试剂(满足十八、十九、二十条款需求):1套(试机及校准)。可采进口

项目进度
2021-03-26
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